پرچم امویان بر طبق گفته طبری سفید بودهاست هرچند تاریخ بلعمی این پرچم را سبز رنگ توصیف کردهاست. طبری نقل میکند که ابومسلم خراسانی دو پرچم میافراشت یکی سیاه رنگ و دیگری پرچمی سفید رنگ مزین به یک آیه قرآنی. نشان عباسیان نیز سیاه رنگ بود که به عبارت محمد رسول الله مزین بود.
مخالفین عباسیون نیز به نشانه اعتراض از رنگهایی دیگر استفاده میکردند. بطور مثال فاطمیون مصر از پرچمی به رنگ سبز و علویان و بسیاری از شورشیان ایرانی از پرچمهای سفید رنگ استفاده میکردند. تصاویر پرچم بر روی اشیاء باستانی بدست آمده از کشورهای اسلامی (و خصوصاً بر روی مینیاتورها) یافت میشود. از جمله قدیمیترین آنها بشقاب براق ایرانی متعلق به قرن دهم میلادی است. در زمان مامون خلیفه عباسی رنگ سبز رنگ شیعه بودهاست. هنگامی که امام رضا به ولایت عهدی رسید بر خلاف سنت عباسیان رنگ سبز را به عنوان رنگ خود برگزید و در نتیجه به پیروی به سنتهای ایران پیش از اسلام متهم شد. گفته میشود او پس از این اعتراضات رنگ سیاه عباسیان را پذیرفت.
بر طبق تصویری در کتاب تاریخ رشید الدین پرچم غزنویان معمولاً قرمز و غزنویان اغلب از طرح شطرنجی به عنوان
نشان استفاده میکردند. هر چند بعضی نوشتههای موجود مربوط به آن زمان چنین مینمایاند که آنان پرچمی مزین به همای طلایی یا شیر طلایی حمل میکردند. قزوینی در قرن ششم هجری چنین نقل میکند در آن زمان پادشاهان شیعی پرچمهایی به رنگهای سبز و سفید و سایر پادشاهان کماکان به رسم عباسیان پرچمی سیاه رنگ داشتند.
به نوشته بیهقی سران قبایل سلجوقی علامتها یا بیرقهای مخصوص داشتهاند. درباره نقش این پرچمها سندی موجود نیست. پس از آن که سلسله سلجوقی در خراسان پدید آمد و خلافت عباسی عملاً تابع طغرل بیگ شد، سلجوقیان از آداب عباسی- غزنوی -سامانی تقلید کردند و مظاهر حکومتیشان رنگ اسلامی گرفت . باوجود این، برخی سنتهای قبیلهای را حفظ کردند، از جمله این که طغرل به عنوان مهراز نقش چماق استفاده میکردهاست . لیکن از زمان الب ارسلان، مهرها شکل اسلامی یافت.
سلجوقیان از زمان طغرل پرچم سیاه را همراه با سایر نشانهای قدرت از خلفای عباسی گرفتند. ازرقی در قصیدهای در رسای طغانشاه، پرچم سپاه او را قرمز خواندهاست. با این حال رنگ پرچم رسمی سلجوقیان معلوم نیست و به احتمال زیاد، همان رنگ رسمی عباسیان و غزنویان، یعنی سیاه بودهاست.
از اشعار شاعران آن دوره، چون انوری و ظهیر فاریابی، برمی آید که پرچمها نقشهایی از قبیل ماه، اژدها، شیر، پلنگ و هما داشتهاند، اما معلوم نیست که این نقشها بر روی پرچمها ترسیم گردیده یا بر بالای چوب پرچم نصب شده بودهاند و احتمالاً به هر دو صورت وجود داشتهاست. «امیرِ علَم» (بیرقدار) در تشکیلات سلجوقیان مقام مهمی داشتهاست. پرچم خوارزمشاهیان در نگارهای ایرانی که بخارا را در محاصره مغولها نشان میدهد، به رنگ زرد نشان داده شدهاست، ولی چون این نقاشی در عصر خوارزمشاهیان ترسیم نشدهاست، نمیتوان آنرا (قاطعانه) مطابق با واقع دانست. اما بنابر پارهای شواهد میتوان سیاه بودن پرچم را نیز در این دوره محتمل دانست.